Przetargi.pl
Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-04, z dnia 15.09.2009 r.

Instytut Ogrodnictwa ogłasza przetarg

  • Adres: 96-100 Skierniewice, ul. Konstytucji 3 Maja 1/3
  • Województwo: łódzkie
  • Telefon/fax: tel. 46 833 20 21 , fax. 46 833 32 28
  • Data zamieszczenia: 2012-04-05
  • Zamieszczanie ogłoszenia: obowiązkowe

Sekcja I - Zamawiający

  • I.1. Nazwa i adres: Instytut Ogrodnictwa
    ul. Konstytucji 3 Maja 1/3 1/3
    96-100 Skierniewice, woj. łódzkie
    tel. 46 833 20 21, fax. 46 833 32 28
    REGON: 10102334200000
  • Adres strony internetowej zamawiającego: www.inhort.pl
  • I.2. Rodzaj zamawiającego: Inny: Instytut Badawczy

Sekcja II - Przedmiot zamówienia, przetargu

  • II.1. Określenie przedmiotu zamówienia
  • II.1.1. Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
    Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-04, z dnia 15.09.2009 r.
  • II.1.2. Rodzaj zamówienia: dostawy
  • II.1.3. Określenie przedmiotu oraz wielkości lub zakresu zamówienia:
    Przedmiotem zamówienia jest sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów w następujący sposób: SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA: Zamówienie podlega na sekwencjonowaniu DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems na płytkach 96 dołkowych oraz w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów na kapilarach 80 cm w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skrytpu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczone przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program FinchTV i Chromas. Zamawiający będzie posiadał na stronie swoje indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę, a zamówionemu przez Zamawiającego. Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca będzie potwierdzał mailowo przyjęcie reklamacji. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze. Zamawiający zastrzega sobie prawo do zmniejszenia (lub zwiększenia) ilości jednej usługi na konto innej bez przekraczania zaoferowanej przez Wykonawcę całkowitej wartości zamówienia. SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW: Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skalach 20, 40 i 200 nmol. Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy. Oligonukleotydy będą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów. Czas dostawy max. 72 h (dni robocze) liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego). Koszty za przesyłki kurierskie będzie ponosił Wykonawca. Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 ?M. Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia). Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwości śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur. SEKWENCJONOWANIE GENOMOWE NGS: Sekwencjonowanie z przygotowaniem biblioteki losowych fragmentów DNA: Usługa obejmuje wykonanie sekwencjonowania całkowitego DNA wyizolowanego z próbki gleby na sekwenatorze GS Junior w technologii 454 Titanium. Zamawiający dostarczy Wykonawcy DNA oczyszczone standardowymi metodami biologii molekularnej w ilości nie mniejszej niż 1500 ng w jednej próbce. Sumaryczna ilość odczytanych zasad z jednego sekwencjonowania to 35 - 55 mln nukleotydów w około 100 tys. odczytów zestawionych w kontigi. Średnia długość pojedynczego odczytu to 400 zasad. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane Zleceniodawcy w ciągu maksymalnie 7 dni roboczych od momentu dostarczenia DNA w wymaganej ilości do siedziby Wykonawcy. Sekwencjonowanie z przygotowaniem barkodowanej biblioteki amplifikowanych fragmentów DNA: Usługa obejmuje barkodowanie (znakowanie za pomocą swoistych sekwencji adaptorowych) produktu PCR lub stechiometrycznych mieszanin produktów PCR oraz ich sekwencjonowanie na sekwenatorze GS Junior w technologii 454 Titanium. Zamawiający dostarczy Wykonawcy niezmieszane fragmenty DNA (produkty PCR) oczyszczone z żelu, standardowymi metodami biologii molekularnej, w ilości nie mniejszej niż 100 ng każdy. Sumaryczna ilość odczytanych zasad z jednego sekwencjonowania to 35 - 55 mln nukleotydów w 70 tys. odczytów zestawionych w kontigi. Średnia długość pojedynczego odczytu to 400 zasad. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane Zleceniodawcy w ciągu maksymalnie 7 dni roboczych od momentu dostarczenia DNA w wymaganej ilości do siedziby Wykonawcy . Szczegółowy zakres praw i obowiązków związanych z realizacją zamówienia określa wzór umowy stanowiący załącznik do SIWZ.
  • II.1.4. Wspólny Słownik Zamówień (CPV): 731110003
  • II.1.5. Czy dopuszcza się złożenie oferty częściowej: nie
  • II.1.6. Czy dopuszcza się złożenie oferty wariantowej: nie
  • II.1.7. Czy przewiduje się udzielenie zamówień uzupełniających: nie

Sekcja III - Informacje o charakterze prawnym, ekonomicznym, finansowym i technicznym

  • III.1. Warunki dotyczące zamówienia
  • Informacja na temat wadium: Zamawiający nie wymaga wadium.

Sekcja IV - Procedura przetargowa

  • IV.1. Tryb udzielenia zamówienia
  • IV.1.1. Tryb udzielenia zamówienia: przetarg nieograniczony
  • IV.2. Kryteria oceny ofert
  • IV.2.2. Wykorzystana będzie aukcja elektroniczna: nie
  • IV.3. Informacje administracyjne
  • IV.3.1. Adres strony internetowej, na której dostępna jest specyfikacja istotnych warunków zamówienia: www.inhort.pl
  • IV.3.5. Termin związania ofertą, okres w dniach: 30 (od ostatecznego terminu składania ofert)

Zobacz następny przetargZobacz poprzedni przetargPobierz ofertę w pliku pdfPowrót na stronę główną

Podobne ogłoszenia o przetargach